武漢理工大學趙焱課題組開發腳本 MS建模一鍵獲取VASP輸入文件POSCAR

本文給大家推介并分享一個通過Materials Studio一鍵獲取VASP輸入文件POSCAR的腳本，xsd2pos.pl。此腳本是武漢理工大學首席教授趙焱在幫助學生解決VASP計算問題時編寫，解決了其他間接非手動獲取POSCAR存在的問題，同時也相較于其他方法更為便捷，相信會對從事VASP計算的同行們帶來便利。趙焱老師懷著哺育天下學子的情懷，希望給大家分享一下。

下文介紹一下它的使用方法以及它所解決的問題，在此就不給大家介紹腳本的內容了，會編程的朋友們可自行學習。

使用方法

此腳本適用于用Materials Studio 建模獲取POSCAR，操作非常簡單。

（1）把xsd2pos.pl腳本直接拖至需要轉化成POSCAR的xsd格式文件所在目錄。示例中，我們將TiO2_single.xsd轉化成POSCAR。

（2）將xsd2pos.pl打開，將第12行引號中的內容改寫成需轉化的xsd文件的名字。

（3）點擊上圖紫紅色框中的三角形按鈕運行腳本便生成了POSCAR文件，如下圖。

解決的問題

此腳本的誕生源于趙焱老師的學生運用cel2pos.pl 腳本和Vesta生成POSCAR時不能便利地選擇性固定原子。趙焱老師為了解決這個問題，花了半天時間為學生們創造了該腳本。不得不說，盡管趙焱老師作為計算化學專家，編個腳本不費吹灰之力，但在繁重的教學任務、科研任務之下，半天的時間于他而言實為珍貴。

一般大家構造表面模型時，需要選擇性固定幾層原子以模擬體相結構。

如下圖是一個TiO2（101）表面結構模型，通過Materials Studio我們可以很輕松地按需要固定原子。該示例中選擇性固定了圖中標黃的原子。

運用先前大家比較熟悉的cel2pos.pl將cell文件轉化為POSCAR得到的原子結構信息如圖，所有的原子都不是固定的，而要手動固定將會有很大的工作量。

另外，還有一個常用的方法就是用Vesta生成POSCAR，這種方法得到的POSCAR如下圖所示，這種就沒有原子固定與否的信息，等同于cel2pos.pl得到的POSCAR。

而我們運用xsd2pos.pl腳本能夠直接將原子固定信息寫進POSCAR。如圖所示，在這里需要注意一下，選擇性固定原子做動力學的時候“Selective Dynamics”必須有。

現在大家知道這個腳本的厲害了吧。

該腳本誕生僅有幾天時間，應廣大VASP計算同行的需求，將它分享出來。可能還有錯誤之處沒有來得及發現和糾正，如果大家在之后的應用中發現錯誤，請反饋給我們（郵箱：yan60@hotmail.com），不勝感激。如陳述內容有錯誤之處，也請大家指正，我們會虛心接受并改正。

請點擊本鏈接下載腳本

本文系趙老師的學生何同學供稿。

歡迎大家到材料人宣傳科技成果并對文獻進行深入解讀，投稿郵箱tougao@cailiaoren.com。

內容合作及投稿請加微信cailiaorenvip.